Diagram over Samsø Kommunes organisation. Øverst er kommunaldirektøren, som har en række stabe og forvaltninger under sig, herunder også Samsø Rederi, der er et kommunalt ejet selskab. Der er tre forvaltninger. Børn- Unge- og Kulturforvaltningen, der har syv sektorer tilknyttet. Dette er tandplejen, bibliotek, Samsø skole, ungdomsskolen, børnehaven Rumlepotten, dagplejen og familieafdelingen. Teknisk Forvaltning har fire sektorer tilknyttet, det er Teknik og Miljø, Natur, Havne og Veje samt Ejendomsservice. Den tredje forvaltning er Social- og Beskæftigelsesforvaltningen, der har syv sektorer. Disse er visitation og sygepleje, Kildemosen, sundhed, job- og borgerservice, hjemmeplejen, støtteteam og bo- og aktivitetscenteret. I kommunen er der yderligere fire stabe. Disse er erhverv- og turisme, økonomi, personale og IT sekretariatet og Trafik, der rummer Samsø Rederi og Samsø Bus.