Der findes to privat drevne havne på Samsø - Kolby Kås havn og Stauns naturhavn.

Brattingsborg Gods ejer og driver havnen i Kolby Kaas, der både fungerer som erhvervs- og lystbådehavn.
Læs mere på koldbykaashavn.dk eller hos Den Danske Havnelods
Stauns er en natur havn der drives af en privat forening.
Samsø Kommunale havne
Telefon: 86 59 12 03
Email: havne@samsoe.dk