Samsø Havne driver de tre lystbådehavne i Ballen, Langør og Mårup. Derudover driver Samsø Havne erhvervshavnen i Sælvig, hvor færgerne til og fra Jylland sejler og erhvervshavnen i Ballen, hvor færgen til Sjælland sejler fra.

Der er fire lystbådehavne på Samsø, De tre kommunale, Ballen, Mårup og Langør og den privatejede Kolby Kås. Der er cirka 22.000 gæstebåde, der anløber alle fire havne hvert år. Alle Havne har offentlige toiletter.